黃瓜雜交種品種鑒定SNP標記的初步分析研究

摘要：將11個華北型黃瓜雜交種F1代進行基于Illumina HiSeq X10平臺的全基因組重測序,測序深度10X。樣本基因組DNA采用單株混合提取和混池二代測序。對測序原始數據經過數據質控獲得有效讀長基礎上進行了二次篩選。最終在684 891個SNP變異信息中篩選出381個變異位點,其中的180個為位于核染色體組上的變異(166個SNPs,14個InDels變異)。使用Minimal marker對SNP位點進行三位點組合選擇,挑選出可區分參試品種的25個非重復SNP位點,35種三位點組合,涉及基因組1~6號染色體。最后選擇10個在5’和3’側翼序列50bp內無過濾過變異的候選位點,用于PCR擴增驗證。得到7個高質量SNP,包括:Chr1_14433374,Chr3_24329128,Chr3_32823086,Chr3_33307511,Chr5_1548305,Chr5_6143567和Chr5_26188907。采用KASP基因分型技術驗證,這7個位點的分型結果與二代測序結果吻合。