山葡萄VaCBF3基因克隆及生物信息學(xué)分析

摘要：為預(yù)測山葡萄VaCBF3基因的功能,利用RT-PCR方法從低溫處理的山葡萄中克隆出抗寒轉(zhuǎn)錄因子VaCBF3基因。利用生物信息學(xué)方法對其結(jié)構(gòu)域及功能進(jìn)行預(yù)測,包括開放閱讀框分析、基本理化性質(zhì)分析、保守結(jié)構(gòu)域分析、信號肽預(yù)測、蛋白修飾位點(diǎn)分析、疏水性分析、系統(tǒng)進(jìn)化分析、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)及三級結(jié)構(gòu)預(yù)測等。結(jié)果表明:經(jīng)測序VaCBF3基因序列全長為854bp,編碼239個(gè)氨基酸,序列提交至GenBank中(登錄號為:EU672969;蛋白登錄號為:ACD45468.1)。該基因?qū)儆贏P2 superfamily家族,具有AP2保守結(jié)構(gòu)域;蛋白相對分子量為25.9kDa,分子式為C1109H1754N332O364S11,原子總數(shù)為3570,理論等電點(diǎn)為7.1;為不穩(wěn)定親水蛋白,不含信號肽;共計(jì)43個(gè)磷酸化位點(diǎn),1個(gè)N-糖基化位點(diǎn),39個(gè)O-糖基化位點(diǎn);二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋占25.94%,β-轉(zhuǎn)角占4.60%,不規(guī)則卷曲鏈56.07%,延伸鏈占13.39%;三級結(jié)構(gòu)含有1個(gè)α-螺旋和3個(gè)β-折疊。系統(tǒng)發(fā)育樹分析表明,VaCBF3蛋白與Vitisamurensis聚為一支,親緣關(guān)系最近,與V.vinifera、V.riparia親緣關(guān)系較遠(yuǎn)。