基于轉(zhuǎn)錄組金銀花AP2基因家族的生物信息學及表達分析

摘要：為研究金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子參與低溫的應答機制,本研究基于低溫下金銀花轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),利用在線生物信息學工具對金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子的理化性質(zhì)、亞細胞定位、磷酸化位點、蛋白基序以及進化分析進行鑒定和分析;利用實時熒光定量PCR檢測3個DREB基因和1個RAV基因在低溫脅迫下的表達情況。結果表明,在金銀花中共篩選了34個AP2轉(zhuǎn)錄因子,不同轉(zhuǎn)錄因子之間的理化性質(zhì)存在差異,表明其在不同的微環(huán)境中發(fā)揮不同的功能;亞細胞定位結果顯示,僅有2個AP2定位于葉綠體,其余均定位于細胞核,符合其作為轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游基因的表達特性;所有AP2的磷酸化位點均依次表現(xiàn)為絲氨酸>蘇氨酸>酪氨酸;根據(jù)AP2中所含有的AP2數(shù)量以及序列同源性,可將34個AP2分為四個大類,20個AP2屬于ERF亞家族,3個屬于DREB亞家族,RAV亞家族僅有1個,其余10個屬于AP2亞家族。實時熒光定量PCR檢測結果表明,DREB和RAV基因均能響應低溫脅迫,且不同低溫處理時間的不同組織的表達量存在差異。本研究為闡明金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子響應低溫脅迫的機制奠定了一定的理論基礎。